Leden van De Jonge Akademie kiezen uit hun midden een bestuur. Het bestuur faciliteert en coördineert ideeën en activiteiten van de leden. Daarnaast is het bestuur het eerste aanspreekpunt voor externe partijen en voor de KNAW. Het bestuur legt verantwoording af aan de ledenvergadering van De Jonge Akademie en aan het KNAW-bestuur. 

De voorzitter is verantwoordelijk voor coördinatie en algemene zaken en technisch voorzitter van de selectiecommissie. Hiernaast is er een vicevoorzitter. De overige bestuursleden zijn aanspreekpunt voor een thema en voor de andere permanente en tijdelijke commissies. 

Bestuursleden per 1 april 2024

• Eddie Brummelman (Voorzitter, technisch voorzitter selectiecommissie, coördinatie en algemene zaken) 
• Léonie de Jonge (Vicevoorzitter, coördinatie en algemene zaken, wetenschapsbeleid en voorzitter beurzencommissie van De Jonge Akademie)
• Sanli Faez
• Noel de Miranda (Internationalisering)
• Else Starkenburg

Permanente en tijdelijke commissies

De Jonge Akademie kent twee permanente commissies: de selectiecommissie en De Jonge Akademie beurzencommissie. Er zijn De Jonge Akademie-projectbeurzen om het leden mogelijk te maken om in onderlinge samenwerking plannen en ideeën uit te werken die passen binnen de doelstellingen van De Jonge Akademie. Daarnaast zijn er tijdelijke commissies voor het uitvoeren van activiteiten. 

Naast commissies heeft De Jonge Akademie ook vijf tracés. Verder bestaat de mogelijkheid om in kleinere projectgroepen en werkgroepen activiteiten te organiseren en uit te voeren, bijvoorbeeld met behulp van de projectbeurzen die beschikbaar zijn voor leden van De Jonge Akademie.