Het thema van de onderzoeksgroep van Bert Weckhuysen is het begrijpen en ontwikkelen van nieuwe of verbeterde nanomaterialen voor de katalytische omzetting van fossiele (aardgas, steenkool en ruwe aardolie) en duurzame (biomassa) grondstoffen in brandstoffen, chemische producten, plastics en pharmaceutische intermediairen.
Om dit te bereiken worden geavanceerde in-situ karakteriseringsmethodieken op basis van licht, vaak op een intelligente manier gecombineerd, ontwikkeld en gebruikt. Een ander interessegebied is het ontwerp van katalysatoren en sensoren op basis van metaalion complexen in de minuscule poriën van geordende structuren. Enzymen, de meest effectieve katalysatoren van de natuur, fungeren hierbij als inspiratiebron.