De Jonge Akademie

Ga direct naar de inhoud
Ga direct naar de site navigatie
Ga direct naar zoeken

Week 17: dagboek van René Geurts

17 januari 2013

Weekdagboek van een wetenschapper: René Geurts (Wageningen UR) van 17 tot en met 22 december 2012. René doet onderzoek op het gebied van moleculaire ontwikkelingsbiologie.

Maandag

Achtentwintig graden Celsius 100% luchtvochtigheid. Het is 8 uur ’s ochtends ik sta in een kascompartiment van Unifarm. Hier groeien mijn stikstofbindende  bomen, Parasponia, en z’n nauw verwante zustersoort Trema. Elke ochtend controleer ik als eerste hoe de planten er bij staan. Het zijn tropische bomen die het al moeilijk krijgen bij temperaturen onder 20 graden. Ze vormen het hart van mijn huidig onderzoek. Het materiaal is maar op een beperkt aantal plaatsen te vinden, en dient dus maximaal verzorgt te worden; intensive care.

Koffie, e-mails beantwoorden. Om 8.30 uur druppelen de eerste studenten binnen. Ik begeleid een klein groepje van 6 Msc-studenten in een intensieve praktijkcursus ‘Toolbox Moleculaire Biologie’ genaamd. In 8 weken worden ze klaar gestoomd voor een groot Msc thesis. Voor de meeste studenten is het de eerste echte ervaring met het doen van onderzoek. Zelf verantwoordelijk voor het plannen van experimenten, de uitvoering en de interpretatie. Maar net zo belangrijk is het leren mislukkingen te accepteren en teleurstellingen verwerken, leren nadenken: Waarom doe ik dit experiment ? Hoe interpreteer ik die uitkomst ? Het is de laatste week. Komende vrijdag mogen ze hun vindingen aan het team presenteren. Maar nu is het nog hard werken. Een laatste proef met zelfgemaakte transgene planten. Als iedereen binnen is wil ik een samenvatting van de afgelopen week van ze horen.  En de plannen voor deze week. Ruim een uur later staat alles op de rails en kan ik ze los laten.

10.45 uur, koffie. Snel even bij praten met collega  H. over de begeleiding van een PhD student met opstart-problemen. Ons nieuwe begeleidingsplan lijkt vooralsnog goed uit te pakken. Dan terug naar m’n 6 Toolbox studenten om te helpen met fluorescentie-microscoop. Ze hebben transgene Parasponiaplantjes gemaakt met een fluorescent reporter-construct in de wortels. Ze gaan uitzoeken hoe de planten reageren als er stikstofbindende rhizobium bacteriën worden toegevoegd.

13.30 uur: 1 op 1 overleg met PhD-student A.  A. is ambitieus. Hij is in zijn eerste jaar en druk bezig met twee onderzoekslijnen die beide succesvol lijken te zijn. Toch wil hij nadenken over de volgende stappen. Het vordert nog niet, maar er is nog tijd om het geniale next experiment te bedenken.

15.15 uur: Ton Bisseling komt binnen; hoogleraar Moleculaire Biologie. Een weekend in Parijs geweest voor een memorial meeting voor een overleden collega. Heeft zaden van een Medicago mutant voor me bij zich.  Gekregen van een bevriende  Amerikaanse wetenschapper. Goed, hier zat ik op te wachten. Op mijn verzoek heeft hij aanzienlijk wat  zaden meegekregen. Ruim voldoende om meteen het missing experiment te kunnen uit voeren, zonder de zaden eerst te hoeven vermeerderen. Meteen de betreffende PhD student, V., een e-mailtje sturen (hij zit in Berlijn bij een goede collega te experimenteren). V. kennende gaat het experiment nog dit jaar gebeuren.

16.00 uur: Msc student D. vraagt aandacht. D. is zo goed als klaar en heeft het fantastisch gedaan. Alleen nog een verslag schrijven. Heb met hem afgesproken dat hij zijn verslag in de vorm van een artikel kan schrijven. Hij heeft behoefte aan discussie. Tussendoor de Toolbox studenten in het oog houden. Lopen ze niet met hun handen in het haar.

17.00 uur:  Prikkelend e-mailtje van V.M., een onderzoeker bij het Nationale Centrum voor Biodiversiteit - Naturalis. Ben in September samen met V.M. in een Naturalis expeditie naar Maleisisch Borneo geweest. Trema’s en Parasponia’s zoeken.  Was een succesvolle missie voor mij, en de eerste planten staan reeds in de tropische kas. V.M. is net terug van een tweede expeditie. Hij memoreerde aan een interessante discussie die wij in Borneo hebben gehad, en zou  er graag wat experimenteel werk samen willen doen. Of ik zin in een samenwerking heb ? Natuurlijk, cool.

18.00 uur: Tijd om langzaam naar huis te gaan, maar mijn aandacht wordt getrokken door de nieuwe Post-doc in mijn team. Hij zal een brug vormen tussen het ‘natte laboratorium’ dat Moleculaire Biologie is, en het  ‘droge werk’ bij bio-informatica. Moet even naar een uitwerking van onze ideeën kijken. Komt goed. Een halfuur later sta ik op de parkeerplaats. Nog even na praten met T.B. over Parijs en het werk van mijn peers. 7 uur thuis.

21.00 uur: Verontrustend mailtje van V. vanuit Berlijn. Iemand heeft vergelijkbare data als wij en een manuscript reeds heeft ingediend aan een tijdschrift voor publicatie. Probeer hem gerust te stellen. Beloof om ons manuscript in de kerstvakantie te schrijven.

Dinsdag

9.00 uur: Na m’n gebruikelijke rondje langs de kas zitten we weer bij elkaar; m’n 6 Toolbox studenten en ik. Vanochtend zullen we de presentatie voor vrijdag doornemen. Alle 6 dienen ze een stuk te presenteren. Vakkundig weten we het onderzoek in 4 secties te verdelen. Samen met een Inleiding en de  Conclusie maakt dat 6, dus dat is snel verdeeld. Maar dan de inhoud en opbouw van de presentatie. Hoe kom je tot de een goede presentatie ? Waarom laten we de chronologische volgorde van de proeven los ? Mag dat ? Natuurlijk mag dat. Anderhalf uur later zijn ze overtuigd en gaat men aan het werk. Ben benieuwd; morgen meer.

11.00 uur: Na een snelle koffie nu het conceptverslag van student D. Hij wil deze week nog zijn Msc thesis afronden aangezien het ticket voor een vakantie in de V.S. reeds geboekt is. Vannacht of 3.40 uur arriveerde het conceptverslag in m’n e-mail box. Waarom ik nu 7 uur later het nog steeds niet gelezen heb ;-)  Dus snel aan de slag. Er komt nog een mailtje van V.M. van Naturalis tussen door. Hij wil donderdag langs komen om onze ideeën concreet te maken. Hou ik van, meteen actie. V.M. is welkom donderdag ochtend.

13.30 uur: 1 op 1 overleg met analist V. is druk met het isoleren van rhizobiumbacteriën uit bodemmonsters die verzameld zijn in verschillende uithoeken van de wereld; woestijnen in Saoedi Arabië en Iran. tropische grond van Borneo. V. is verantwoordelijk om zoveel mogelijk bacteriën te isoleren. Vorige week heeft ze een enorme piek te verwerken gekregen toen ik alle stammen had beloofd aan een collega in Parijs. Deze piek bleek nog niet te zijn verwerkt. Er diende nog de nodige administratieve handelingen worden verricht.

15.00 uur: Kopje thee met collega en vriend V. van Plantenveredeling. Vrijdag heeft ze haar interview voor de benoemingsadviescommissie voor haar tenure track positie. Aangezien ze net een VIDI heeft binnen gehaald, verwacht ik geen problemen. Toch is ze een beetje zenuwachtig.

15.30 uur: Post-doc R. is in gesprek met het B.G.I. (Beijing Genome Institute).  Ze hebben een paar goede adviezen gegeven t.a.v. het ontrafelen van de genoomsequenties van Trema en Parasponia bomen. Dit is het begin van de grote stap die we willen zetten. We bespreken de strategie en de vervolgafspraken die we zullen maken met B.G.I.

17.15 uur: Vandaag vroeg naar huis, want Lea, m’n partner moet werken vanavond. Nu kunnen we nog even samen eten. Ik kijk er naar uit.

Woensdag

8.00-13.00 uur: Vandaag is het belangrijkste event: het kerstdiner. Dit jaar niet alleen met zelf gemaakte maaltijden, maar ook met cadeautjes. ‘s Ochtends routinematig punten afwerken; conditie planten in tropische kas observeren, Toolbox-studenten, AIOs en MScs begeleiden. Morgen staat het examen Molecular Aspect of Biotic Interactions op het programma. Het is een mooie collegereeks die gegeven wordt door een meerdere docenten. Mijn 2 college-uren gaan over de interactie van plantenwortels met bodembacteriën. Natuurlijk wordt rhizobium uitgebreid behandeld. Rhizobium, de stikstofbindende bacterie die in symbiose kan leven met vlinderbloemigeplanten (en Parasponia !). Maar ook het veel minder onderzochte microbioom dat met wortels is geassocieerd wordt besproken. Het wortel-microbioom, ook wel de rhizosfeer genoemd, staat wetenschappelijk volop in de belangstelling en ik heb er in het college dan ook flink aandacht aan besteed. De studenten verwachten van mij natuurlijk een vraag over rhizobium, maar dit keer zal ik eens toetsen wat ze nog weten over de rhizosfeer en groei-bevorderende bodem-bacteriën.

rene geurts dagboek foto2.jpg

13.30-15.00 uur: Na de lunch ruim aandacht voor m’n trouwe analist M. M. is verantwoordelijk voor ‘de groei en bloei’ van onze planten.  Niet alleen in de kas maar ook in vitro; zeg maar het steriel groeien van plantjes in afgesloten plastic schaaltjes of bakjes. We zijn in staat in vitro de tropische bomen als miniatuurplantjes te kweken en vermeerderen. Dat maakt het tot een prima onderzoeksobject. M. is bezig de vermeerdering van Parasponia en Trema op te schalen zodat we genomics kunnen doen.  We willen de actieve genen in Parasponia en Trema wortels in kaart brengen, met als doel verschillen te vinden. Hiervoor zijn niet alleen veel plantjes nodig, maar dienen ze ook nog min of meer synchroon te groeien. Synchronisatie van het systeem dus. Dit leidt tot veel hoofdbrekens.

15.15 uur: Tijd voor de werkbespreking. Informeel, met de voeten op tafel. De groep is echter te groot voor een reguliere overlegkamer, dus willen we gebruik maken van de grotere ruimte die normaliter gebruikt wordt voor presentaties. Alleen, de kerst-dinner-commissie begint te steigeren. De ruimte is reeds getransformeerd in een restaurant, en no way dat we er nog gebruik van zouden kunnen maken. Na wat powerplay worden we toch toegelaten. Met tegenzin, dat wel.

16.15 uur: Het Kerstdiner gaat dan eindelijk beginnen. Alleen...... ik heb nog geen eten en ook nog geen cadeautje geregeld. Ik weet maar een uitweg en dat is Mario di Martini, de lokale Italiaan in het winkelcentrum even verderop. Snel wat geroosterde paprika’s halen, en artisjokharten met ansjovis. Als cadeautje 2 blokken Italiaanse noga in mooie verpakking. Voel me toch wel schuldig, maar het feest kan beginnen.

22.00 uur: Ben thuis. Het was een mooie dag.

Donderdag

9.00 uur:  Student M. komt langs op mijn verzoek. M. heeft reeds een Bsc afsluiting bij ons gedaan. Ze is gedreven, accuraat en heeft inzicht. Een super-student dus. Wil haar motiveren om deel te nemen aan het nieuwe graduate programma dat de onderzoeksschool Experimental Plant Science samen met de Industrie en NWO heeft opgezet. De Nederlandse seed industry, uitgangsmaterialen voor planten, heeft wereldfaam en ‘schreeuwt’ om goede mensen. Plantenonderzoek heeft lange tijd een imagoprobleem gekend, waardoor er maar weinig Nederlandse studenten voor te motiveren waren. Daar komt nu verandering in. Dit graduate programma is daar een heel goed voorbeeld van. De komende jaren kan een intensief trainingsprogramma worden aangeboden aan 24 getalenteerde plantenwetenschappers in hun Msc-fase. Men krijgt een training in het schrijven van projectvoorstellen, maakt kennis met de industrie en dient zelf een wetenschappelijk onderzoeksproject te schrijven. Op basis van excellentie zal een groot aantal projecten worden gehonoreerd. Succesvolle kandidaten kunnen dus promotieonderzoek doen op een zelf bedacht onderzoeksproject. M. is geïnteresseerd.

10.15 uur: V.M. van Naturalis komt vandaag op bezoek en staat nu voor de deur. Hij heeft wat aarde bij zich met daarin parasitaire planten die via schimmeldraden andere planten exploiteren. De schimmel is een oude bekende voor mij, Glomus, de mycorrhizae schimmel die wortels van bijna alle planten kan infecteren. Glomus is normaliter geen parasiet, maar een symbiont. Glomus neemt voedingsstoffen op uit de bodem en ruilt deze voor suikers met de gastheer plant. Deze interactie wordt ook wel mycorrihzae genoemd (myco = schimmel, rhizae = wortel. Schimmelwortel dus).  Tijdens een expeditie naar Australië heeft V.M. wat van parasitaire planten gevonden die deze uitbuiten. Hij heeft de planten, inclusief de Glomus schimmel, kunnen meenemen. Alleen beschikt hij niet over de juiste faciliteiten om deze te laten groeien. Daar kunnen wij te hulp schieten. Na de uitgebreide lunch gaat V.M. samen met AIO T. zijn planten oppotten. We zetten er wat bieslook bij die kan dienen om geïnfecteerd te worden.

13.30 uur: Weer een kanjer van een student op bezoek, nu voor een Bsc-afsluiting. Ze wil graag medisch onderzoek doen, alleen dat gaat niet in Wageningen. Ik probeer haar er van te overtuigen dat rhizobiumonderzoek misschien een goede voorbereiding is om later in de Msc een overstap naar een Medische oriëntatie te kunnen maken. Rhizobium wordt namelijk door plantencellen opgenomen op een vergelijkbare wijze als sommige humane en dierlijke pathogenen. Dit mechanisme wordt in ons team bestudeerd. Misschien is ze geïnteresseerd. In ieder geval wil ze er een ander keer over door praten.

14.30 uur: Tijd om het examen Gene Technology te maken. Een herkansing waarvoor 12 studenten zich hebben ingeschreven. Een oud examen uit de kast trekken is de eenvoudigste oplossing. Toch er even kritisch naar kijken.

16.00 uur: De inaugurele rede van Ellis Hofland van bodemkunde. In vruchtbare aarde;  over relaties op het grensvlak van leven en dood. De zaal zit vol en Ellis heeft een prikkelend verhaal. Wil graag een keer met Ellis verder praten, maar de aansluitende receptie biedt daar uiteraard geen gelegenheid voor. Om 17.30 uur snel terug naar het lab, aangezien de Toolbox studenten voor de laatste keer door hun presentatie heen willen. Morgenvroeg om 11.00 uur staan ze op het programma.

19.00 uur: De presentatie staat.

Vrijdag

Vandaag is het een overzichtelijke dag. Om 11 uur presentatie van de Toolbox studenten, na de lunch het examen Gene Technology afnemen, en om half 6 een afspraak met AIO V. die dan net terug is uit Berlijn.

11. 00 uur: Toolbox presentatie. De studenten zijn zenuwachtig, zoals altijd. Maar deze groep straalt ook zelfverzekerdheid uit. Ze zijn er klaar voor. Presentatie gaat soepeltjes, maar met 6 studenten die elk 10-15 spreken is het toch een lange zit. Meteen na de presentatie kan het verslag worden ingeleverd. Echt een prima prestatie van de groep. Het vak kan dus op de laatste vrijdag van de onderwijsperiode worden afgerond.

14.00-17.00 uur: Examen Gene Technology afnemen. Veel collega's vinden dit een vervelende bezigheid, maar ik zie er ook de voordelen van. Even 3 uur rust.

17.15 uur: Terug in het lab. V. is goed gehumeurd. De stress van eerder  deze week is toch van hem afgegleden. Gelukkig. We nemen ruim de tijd om de outline van het manuscript te bespreken. Ook bepalen we de strategie hoe zo efficiënt mogelijk de nog blinde vlekken in te vullen. De kerstvakantie zal zo efficiënt mogelijk worden benut. In India viert men sowieso geen kerst.

19.15 uur: Ik kan met een gerust hart naar huis.


Ga terug naar de bovenkant van deze pagina
Ga terug naar de inhoud
Ga terug naar de site navigatie
Ga terug naar zoeken